Tribunal Supremo: la AEAT puede comprobar saldos de IVA de períodos prescritos cuando producen efectos en ejercicios no prescritos
Ignacio Estomba
Asesor Fiscal Área Fiscal
El Tribunal Supremo, en su Sentencia n.º 988/2026, de 23 de julio de 2026, ha establecido que la Administración tributaria puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos respecto de los cuales ya ha prescrito el derecho a liquidar, siempre que dichos saldos se utilicen para determinar la deuda tributaria de ejercicios posteriores que aún no hayan prescrito.
La resolución distingue entre la prescripción del derecho de la Administración para practicar liquidaciones y su facultad de comprobar elementos tributarios con incidencia en períodos posteriores. En consecuencia, aunque la AEAT no puede regularizar el período en que se originó el saldo de IVA, sí puede verificar la realidad y cuantía del crédito fiscal compensado en un ejercicio abierto a comprobación.
El Tribunal fundamenta su decisión en los artículos 66 bis y 115 de la Ley General Tributaria, destacando que los saldos de IVA pendientes de compensación constituyen auténticos créditos fiscales cuya correcta cuantificación puede ser revisada cuando despliegan efectos en ejercicios no prescritos.
Impacto práctico: las empresas deberán conservar la documentación justificativa de los saldos de IVA pendientes de compensación más allá del plazo general de prescripción, en la medida en que dichos importes continúen siendo aplicados en ejercicios posteriores y puedan ser objeto de comprobación por la Administración tributaria.
Especial atención en Gipuzkoa: aunque la sentencia interpreta preceptos de la Ley General Tributaria aplicables en territorio común, su razonamiento resulta igualmente relevante para los contribuyentes sometidos a la normativa foral. La distinción entre la prescripción del derecho a liquidar y la facultad de comprobar créditos fiscales con efectos futuros también está presente en el marco tributario foral, por lo que es previsible que las Haciendas Forales mantengan un criterio similar respecto de saldos de IVA a compensar, bases imponibles negativas y otros créditos fiscales pendientes de aplicación.
Fuente: Tribunal Supremo. Sentencia 988/2026, de 23 de julio de 2026 (rec. 5852/2023).
Ejemplo práctico
Año 2017: una empresa adquiere maquinaria y genera un saldo de IVA a compensar de 60.000 €, que decide trasladar a ejercicios futuros.
Año 2021: la empresa obtiene una cuota de IVA a ingresar de 80.000 € y compensa los 60.000 € pendientes, reduciendo así el importe a pagar.
Año 2024: la Administración inicia una comprobación sobre el ejercicio 2021 y solicita la documentación que acredita el origen del saldo generado en 2017.
¿Puede hacerlo aunque 2017 esté prescrito?
Sí. Según la doctrina del Tribunal Supremo, la Administración no puede liquidar el ejercicio 2017, pero sí puede comprobar si el saldo de IVA utilizado en 2021 era real y estaba correctamente justificado.
Consecuencia práctica
Si la empresa no puede acreditar el origen y la cuantía del saldo compensado, la Administración podrá rechazar la compensación aplicada y exigir el ingreso de las cuotas dejadas de ingresar junto con los intereses correspondientes.
